Třetí nejstarší přírodní rezervace v ČR a nejstarší na Šumavě byla vyhlášena v roce 1858 knížetem Janem Adolfem Schwarzenbergem na podnět lesního hospodáře Vimperského panství Josefa Johna.
Původní rezervace o rozloze 150 ha byla značně poškozena ničivou vichřicí v roce 1870. Zbývajících 46 ha pralesního porostu bylo v roce 1933 vyhlášeno státní přírodní rezervací. V roce 1958, rovných 100 let po založení rezervace, bylo její území rozšířeno na 666 ha. Národní přírodní rezervace Boubínský prales se rozprostírá na svazích Boubína (1368 m) a Pažení (1281 m). Stáří některých stromů dosahuje 300 - 400 let. Samotné jádro pralesa (46 ha) je dnes již turistům nepřístupné a je odděleno dřevěným plotem. Po jeho obvodu vede od roku 1979 naučná stezka "Boubínský prales". Součástí 4 km dlouhého okruhu je 9 zastavení (informačních panelů). Jedním z výchozích bodů stezky je i Zátoň.